3. LigaFußball(M)
20. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | VfL Osnabrück | Osnabrück | 20 | 12 | 5 | 3 | 28:13 | 15 | 41 |
| 2 |  | Preußen Münster | Pr. Münster | 20 | 11 | 6 | 3 | 33:15 | 18 | 39 |
| 3 |  | Karlsruher SC | Karlsruhe | 20 | 10 | 7 | 3 | 34:13 | 21 | 37 |
| 4 |  | Arminia Bielefeld | Bielefeld | 20 | 10 | 6 | 4 | 29:19 | 10 | 36 |
| 5 |  | SpVgg Unterhaching | Unterhaching | 20 | 10 | 6 | 4 | 35:26 | 9 | 36 |
| 6 |  | 1. FC Heidenheim 1846 | Heidenheim | 20 | 9 | 4 | 7 | 34:31 | 3 | 31 |
| 7 |  | VfB Stuttgart II | VfB II | 20 | 8 | 5 | 7 | 26:22 | 4 | 29 |
| 8 |  | Wacker Burghausen | Burghausen | 20 | 9 | 2 | 9 | 26:28 | -2 | 29 |
| 9 |  | Hansa Rostock | Rostock | 20 | 8 | 5 | 7 | 22:26 | -4 | 29 |
| 10 |  | Chemnitzer FC | Chemnitz | 20 | 7 | 5 | 8 | 28:26 | 2 | 26 |
| 11 |  | 1. FC Saarbrücken | Saarbrücken | 20 | 7 | 4 | 9 | 28:32 | -4 | 25 |
| 12 |  | Kickers Offenbach | Offenbach | 20 | 7 | 5 | 8 | 29:24 | 5 | 24 |
| 13 |  | SV Babelsberg 03 | Babelsberg | 20 | 6 | 5 | 9 | 17:26 | -9 | 23 |
| 14 |  | SV Wehen Wiesbaden | Wiesbaden | 20 | 3 | 13 | 4 | 26:29 | -3 | 22 |
| 15 |  | Hallescher FC | Hallescher FC | 20 | 5 | 6 | 9 | 17:28 | -11 | 21 |
| 16 |  | Stuttgarter Kickers | Kickers | 20 | 5 | 5 | 10 | 21:23 | -2 | 20 |
| 17 |  | Rot-Weiß Erfurt | RW Erfurt | 20 | 4 | 7 | 9 | 23:36 | -13 | 19 |
| 18 |  | Borussia Dortmund II | Dortmund II | 20 | 4 | 6 | 10 | 17:34 | -17 | 18 |
| 19 |  | SV Darmstadt 98 | Darmstadt | 20 | 3 | 7 | 10 | 18:30 | -12 | 16 |
| 20 |  | Alemannia Aachen | Aachen | 20 | 4 | 7 | 9 | 20:30 | -10 | 14 |
- Aufstieg
- Relegation
- Abstieg
- Abstieg
- Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.
- Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.
- Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.
