3. LigaFußball(M)
28. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | 1. FC Union Berlin | Union Berlin | 28 | 18 | 8 | 2 | 47:17 | 30 | 62 |
| 2 |  | SC Paderborn 07 | Paderborn | 28 | 16 | 5 | 7 | 52:29 | 23 | 53 |
| 3 |  | Fortuna Düsseldorf | Düsseldorf | 28 | 14 | 6 | 8 | 40:25 | 15 | 48 |
| 4 |  | Kickers Emden | Emden | 28 | 13 | 8 | 7 | 37:27 | 10 | 47 |
| 5 |  | SpVgg Unterhaching | Unterhaching | 28 | 13 | 6 | 9 | 38:37 | 1 | 45 |
| 6 |  | Bayern München II | Bayern II | 28 | 10 | 14 | 4 | 36:25 | 11 | 44 |
| 7 |  | Kickers Offenbach | Offenbach | 28 | 11 | 10 | 7 | 36:26 | 10 | 43 |
| 8 |  | Rot-Weiß Erfurt | RW Erfurt | 28 | 12 | 6 | 10 | 37:34 | 3 | 42 |
| 9 |  | SV Sandhausen | Sandhausen | 28 | 10 | 8 | 10 | 43:39 | 4 | 38 |
| 10 |  | VfB Stuttgart II | VfB II | 28 | 10 | 7 | 11 | 44:36 | 8 | 37 |
| 11 |  | Erzgebirge Aue | Aue | 28 | 8 | 10 | 10 | 33:33 | 0 | 34 |
| 12 |  | Eintracht Braunschweig | Braunschweig | 28 | 9 | 6 | 13 | 30:33 | -3 | 33 |
| 13 |  | Dynamo Dresden | Dresden | 28 | 8 | 9 | 11 | 29:33 | -4 | 33 |
| 14 |  | Jahn Regensburg | Regensburg | 28 | 7 | 10 | 11 | 27:41 | -14 | 31 |
| 15 |  | Wuppertaler SV | Wuppertal | 28 | 7 | 8 | 13 | 24:38 | -14 | 29 |
| 16 |  | VfR Aalen | VfR Aalen | 28 | 5 | 14 | 9 | 21:36 | -15 | 29 |
| 17 |  | Wacker Burghausen | Burghausen | 28 | 7 | 8 | 13 | 30:46 | -16 | 29 |
| 18 |  | Werder Bremen II | Werder II | 28 | 7 | 6 | 15 | 36:47 | -11 | 27 |
| 19 |  | FC Carl Zeiss Jena | Jena | 28 | 6 | 9 | 13 | 26:45 | -19 | 27 |
| 20 |  | Stuttgarter Kickers | Kickers | 28 | 5 | 10 | 13 | 31:50 | -19 | 25 |
- Aufstieg
- Relegation
- Abstieg
- Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.
- Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.
