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17. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 16 | 13 | 3 | 0 | 57:6 | 51 | 44 |
| 2 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 16 | 14 | 2 | 0 | 44:7 | 37 | 44 |
| 3 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 16 | 13 | 3 | 0 | 49:7 | 42 | 42 |
| 4 |  | FK Ekranas | Ekranas | 16 | 8 | 4 | 4 | 33:15 | 18 | 27 |
| 5 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:18 | 4 | 24 |
| 6 |  | FK Atlantas | Atlantas | 16 | 6 | 3 | 7 | 24:22 | 2 | 21 |
| 7 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 16 | 5 | 3 | 8 | 13:27 | -14 | 18 |
| 8 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 16 | 5 | 1 | 10 | 17:41 | -24 | 16 |
| 9 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 16 | 5 | 0 | 11 | 15:46 | -31 | 15 |
| 10 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 16 | 4 | 2 | 10 | 12:34 | -22 | 14 |
| 11 |  | Banga Gargždai | Banga | 16 | 3 | 4 | 9 | 10:23 | -13 | 13 |
| 12 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 16 | 4 | 0 | 12 | 10:24 | -14 | 12 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
