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5. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 5 | 4 | 1 | 0 | 11:1 | 10 | 15 |
| 2 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 5 | 4 | 1 | 0 | 18:1 | 17 | 13 |
| 3 |  | FK Ekranas | Ekranas | 5 | 3 | 1 | 1 | 12:5 | 7 | 9 |
| 4 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 5 | 2 | 3 | 0 | 9:4 | 5 | 9 |
| 5 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 4 | 3 | 0 | 1 | 5:2 | 3 | 9 |
| 6 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 5 | 2 | 1 | 2 | 6:5 | 1 | 7 |
| 7 |  | FK Atlantas | Atlantas | 5 | 2 | 1 | 2 | 4:4 | 0 | 7 |
| 8 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 4 | 2 | 0 | 2 | 4:4 | 0 | 6 |
| 9 |  | Banga Gargždai | Banga | 5 | 1 | 2 | 2 | 1:5 | -4 | 5 |
| 10 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 4 | 1 | 0 | 3 | 2:9 | -7 | 3 |
| 11 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 5 | 1 | 0 | 4 | 5:23 | -18 | 3 |
| 12 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 4 | 0 | 0 | 4 | 0:4 | -4 | 0 |
| 14 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 4 | 0 | 0 | 4 | 0:10 | -10 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
