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22. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 21 | 17 | 4 | 0 | 65:9 | 56 | 55 |
| 2 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 21 | 15 | 6 | 0 | 62:8 | 54 | 53 |
| 3 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 21 | 16 | 3 | 2 | 49:13 | 36 | 51 |
| 4 |  | FK Ekranas | Ekranas | 21 | 10 | 6 | 5 | 40:19 | 21 | 35 |
| 5 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 21 | 9 | 4 | 8 | 30:26 | 4 | 31 |
| 6 |  | Banga Gargždai | Banga | 21 | 7 | 5 | 9 | 18:26 | -8 | 26 |
| 7 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 21 | 7 | 4 | 10 | 17:31 | -14 | 25 |
| 8 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 21 | 8 | 1 | 12 | 23:45 | -22 | 25 |
| 9 |  | FK Atlantas | Atlantas | 21 | 6 | 4 | 11 | 27:32 | -5 | 22 |
| 10 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 21 | 6 | 3 | 12 | 23:53 | -30 | 21 |
| 11 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 21 | 5 | 2 | 14 | 18:45 | -27 | 17 |
| 12 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 21 | 4 | 0 | 17 | 10:39 | -29 | 12 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
