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21. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 20 | 17 | 3 | 0 | 64:8 | 56 | 54 |
| 2 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 20 | 16 | 3 | 1 | 48:11 | 37 | 51 |
| 3 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 20 | 14 | 6 | 0 | 61:8 | 53 | 50 |
| 4 |  | FK Ekranas | Ekranas | 20 | 10 | 5 | 5 | 39:18 | 21 | 34 |
| 5 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 20 | 8 | 4 | 8 | 28:25 | 3 | 28 |
| 6 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 20 | 8 | 1 | 11 | 22:43 | -21 | 25 |
| 7 |  | Banga Gargždai | Banga | 20 | 6 | 5 | 9 | 16:25 | -9 | 23 |
| 8 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 20 | 6 | 4 | 10 | 16:31 | -15 | 22 |
| 9 |  | FK Atlantas | Atlantas | 20 | 6 | 3 | 11 | 25:30 | -5 | 21 |
| 10 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 20 | 6 | 2 | 12 | 21:51 | -30 | 20 |
| 11 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 20 | 5 | 2 | 13 | 18:44 | -26 | 17 |
| 12 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 20 | 4 | 0 | 16 | 10:38 | -28 | 12 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
