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19. Spieltag
| # | Mannschaft | Mannschaft | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Pkt. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  | FK Zalgiris | Žalgiris | 18 | 14 | 4 | 0 | 60:7 | 53 | 48 |
| 2 |  | FK Kareda Siauliai | Kareda Kaunas | 18 | 15 | 3 | 0 | 59:7 | 52 | 48 |
| 3 |  | FBK Kaunas | FBK Kaunas | 18 | 15 | 3 | 0 | 47:9 | 38 | 48 |
| 4 |  | FK Ekranas | Ekranas | 18 | 9 | 4 | 5 | 37:17 | 20 | 30 |
| 5 |  | Inkaras Kaunas | Inkaras Kaunas | 18 | 8 | 3 | 7 | 26:21 | 5 | 27 |
| 6 |  | FK Dainava Alytus | DFK Dainava | 18 | 7 | 1 | 10 | 20:41 | -21 | 22 |
| 7 |  | FK Atlantas | Atlantas | 18 | 6 | 3 | 9 | 24:27 | -3 | 21 |
| 8 |  | FK Nevėžis | FK Nevėžis | 18 | 5 | 3 | 10 | 14:30 | -16 | 18 |
| 9 |  | Banga Gargždai | Banga | 18 | 4 | 5 | 9 | 13:25 | -12 | 17 |
| 10 |  | Kauno Jegeriai | Kauno Jegeriai | 18 | 5 | 2 | 11 | 16:40 | -24 | 17 |
| 11 |  | FK Žalgiris B | FK Žalgiris B | 18 | 5 | 1 | 12 | 18:51 | -33 | 16 |
| 12 |  | Lokomotyvas Kaunas | Lokomotyvas Kau | 18 | 4 | 0 | 14 | 10:33 | -23 | 12 |
| 13 |  | Mastis Telšiai | Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |  | FK Panerys | FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
- Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)
- Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.
- Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.
